Leonardo Bonucci dio un gran salto inicial en su carrera: desde el equipo de su ciudad, Viterbo, pasó nada menos que al Inter de Milán. Un 14 de mayo de 2006, en la última jornada del campeonato, debutó en primera división contra Cagliari. Un año más tarde dio su primera vuelta olímpica tras alzar la Copa Primavera actuando como central. Entre 2007 y 2008 jugó en la Serie B con Treviso y en 2009 se fue a préstamo al Pisa, hasta que llegó a Bari.

El 30 de enero de 2010 anotó el primer gol del Bari en la victoria por 2-4 sobre el Palermo en el Estadio San Nicola. Terminó su impresionante temporada en la Serie A con el Bari ayudando al club del sur de Italia a finalizar en la mitad de la tabla disputando como titular los 38 partidos del equipo.